ولد جوناثان أجايي في المملكة المتحدة ، لندن ، إنجلترا. التحق بالمدارس التعليمية للفنون لمدة عام واحد في مؤسسة بدوام جزئي في التمثيل ، حيث تخرج بامتياز ، ومكان في LAMDA (أكاديمية لندن للموسيقى والفنون المسرحية) ولم يقتصر الأمر على حصوله على مكان في برنامج البكالوريوس مع مرتبة الشرف لمدة ثلاث سنوات ، لكنه حصل على منحة دراسية كاملة من مؤسسة كلوثووركرز. واصل جوناثان أجايي استكمال تدريبه ، وفي بداية سنته الثالثة والأخيرة حصل على دور البطولة في فيلم The Brothers Size الذي كتبه تاريل ألفين مكراني وأخرجه بيجان شيباني في مسرح The Young Vic. كان هذا الإنتاج هو جوناثان أجايس ويست إند الذي ظهر لأول مرة وحصل على الكثير من الإشادة من النقاد. عاد جوناثان إلى LAMDA بعد اكتمال السباق وتخرج من الدورة التدريبية مع مرتبة الشرف من الدرجة الأولى. واصل العمل مع BBC في Noughts and Crosses، DC on Wonder Woman 1984 ، واستمر أيضًا في الظهور في العروض المسرحية في The BUSH Theatre و The National Theatre.